宏基因組測序

服務介紹 Service Introduction

宏基因組測序，是對特定環境樣品中的微生物群落基因組進行高通量測序，以分析微生物群體基因組成及功能，解讀微生物群體的多樣性與豐度，探求微生物與環境、微生物與宿主之間的關系，發掘和研究新的、具有特定功能的基因。基于高通量測序的宏基因組學研究具有以下優勢：

1）很多自然界中的微生物并不能在實驗室條件下進行培養，因此，無需進行分離培養而擴展了微生物的研究范圍；

2）該方法對環境中微生物群落的多樣性、功能基因等宏觀特征進行了研究，更快更有效、準確的反應出微生物真實狀態；

3）無需基因組片段在宿主菌中的富集，高通量測序能分析挖掘總體微生物中的物種種類以及功能基因，促進了宏基因組學在多種研究領域的廣泛應用。

平臺優勢

周期短：接收客戶樣品后，從質檢合格到生物信息分析結束一般控制在 30-45 個工作日，根據項目樣品數量，完成周期有所調整。

技術人員經驗豐富，可以根據合作伙伴要求提供宏基因組、多組學實驗方案、解決實驗問題、

技術流程 Technical Procedures

生物信息學分析 Bioinformatics Analysis

生物信息學分析
宏基因組細菌多樣性測序分析內容	宏基因組學分析內容
總體數據統計分析	將 reads 與已測序微生物基因組（或參考序列）進行比對，得到物種分類信息以及每個物種上的 reads 個數統計
單個樣品中微生物種類及豐度分析，序列聚類 OTU，群落結構分析	對 reads 組裝，得到 contigs 序列，根據 contig 的拼接結果，進行基因預測、基因功能注釋、COG 分類、GO 分類、KEGG-KO 分類及KEGG-map 代謝圖
多個樣品間比較分析，包括相似度比對，OTU 比較、多樣品群落結構分析，PCA（主成分）分析

樣品要求 Sample Requirements

實驗類型	樣品總量	樣品濃度	樣品純度OD260/280	DNA質量	樣品保存	樣品運輸
環境細菌多樣性	1ug DNA	>50 ng/μl	1.8-2.0,無蛋白質、RNA 或肉眼可見雜質污染	基因組完整、無降解，電泳結果基因組 DNA 主帶在預期位置，清晰，無彌散，cDNA 片段化樣品，片段大小符合預期位置	請選擇干粉、酒精、TE buffer 或超純水一種，并在樣品信息單中注明	請將樣品置于 1.5 ml 管中，做好標記，并用封口膜好，并同《測序樣品訂單》一起放在塑料樣品袋封口，基因組 DNA 如果用乙醇沉淀，可以常溫運輸。
宏基因組	3ug DNA	>30 ng/μl	1.8-2.0,無蛋白質、RNA 或肉眼可見雜質污染	基因組完整、無降解，電泳結果基因組 DNA 主帶在預期位置，清晰，無彌散，cDNA 片段化樣品，片段大小符合預期位置	請選擇干粉、酒精、TE buffer 或超純水一種，并在樣品信息單中注明

注：為保證實驗的質量及延續性，請一次提供至少兩次的制備量