細胞STR鑒定FAQ
1.什么是細胞系鑒定?
所謂細胞系鑒定即通過 STR(短串聯重復)圖譜所建立細胞系的遺傳特征。一株細胞系的遺傳特征確立后,細胞系可以通過定期的檢測,以防止出現細胞系被誤認或交叉污染的情況。
2.為什么要進行細胞系鑒定?
首先進行細胞系STR鑒定是很重要的。很多生物醫藥的研究都采用培養細胞來進行,這些細胞可能是受贈于其它研究人員,也可能是從細胞庫(如美國?ATCC,American?Type?Culture?Collection)得來。據估計,15-20%的實驗室,實驗中所使用的細胞已經不是原來的細胞系,或者與其它細胞系發生了交叉污染。顯然,細胞系遭到污染、特征鑒別錯誤,將會極大的威脅著基于這些細胞而發表的論文質量和研究發現的正確性。為此,很多細胞庫現在都要對提交來的細胞系進行鑒定,并對細胞系之間的交叉污染進行監測。
現在很多機構都已經認識到這個的重要性,ATCC和FDA,這些機構要求對用于制藥領域的實驗中所使用的材料,如細胞系,應該進行“身份鑒定”和純度測試。很多雜志也要求使用細胞系的文章提供STR指紋圖譜數據。FDA建議研究人員在培養細胞的較早階段(細胞培養第一周)來鑒定細胞系的身份。細胞在被凍存前應再一次進行鑒定;對于活躍生長的細胞,每兩個月應鑒定一次;文獻發表前也應對細胞系身份進行鑒定。如果一個實驗室使用不止一種細胞系,則應在實驗最開始時,就要對所有的細胞系進行鑒定,以便排除交叉污染。這樣將減少由于細胞系發生交叉污染或身份誤認,將導致實驗數據的無效或數據誤導。
3.細胞系用錯的概率有多大?
據 ATCC 估計,1977 年錯誤使用細胞的概率是 16%,1999 年是 18%。根據我們的經驗,國內細胞系用錯的概率不低于 20%。即如果一個研究所有二十個課題組,按概率估計,有 4 個課題組用的細胞是錯的。
4.什么細胞最容易污染別的細胞?
Hela 細胞。五十多年來,Hela細胞系被廣泛用于醫學和生物學領域的研究,對當代生命科學的發展屢建奇功,是名副其實的生物學研究的親歷踐行者。同時很多被廣泛研究的細胞系都被Hela細胞淹沒,因為她長得快,當你發現自己的一個培養瓶里的細胞突然長得很好,而以后都用它傳代做實驗的話,十之八九是搞錯了。
早在1967年,遺傳學家Stanley Gartler發現HEp-2和INT 407這兩種細胞系都是生物學領域研究最多的腫瘤細胞系——Hela細胞。
5.有哪些細胞曾被 Hela 污染
lnt-407、HEp-2、WISH (人羊膜細胞)、Acc-M(人原發性延腺癌細胞)、Bcap-37(人乳腺癌細胞)、HAC-84(人肺腺癌克隆)、Hepatoma(人肝癌細胞)、HUL-42(人肺腺癌細胞)、CNE(人鼻咽癌細胞)、SPC-A-1(人肺腺癌細胞)、Tca-8113(人舌鱗癌細胞)、YTMLC(個舊肺鱗癌細胞)等一百余種。
6.什么時候需細胞系鑒定
1)當建立或獲得一個新的細胞系時;
2)一個涉及到細胞試驗項目開始/結束時;
3)在細胞凍存之前,或細胞已連續培養 2~3 個月時;
4)發表文章或申請課題經費前;
5)細胞系表現不穩定或結果與預期差別較大時;
6)當實驗室使用超過一種細胞系時,所有細胞系最好先鑒定以排除交叉污染的可能;
7.如何知道細胞系是否發生交叉污染了
如果存在細胞系之間發生交叉污染,而且鑒定用的細胞可能有兩種以上的細胞系時,那么在進行 STR 位點檢測的時候,多個位點會出現兩個以上的峰。峰高值表示該等位基因的信號強度,理論上峰值與樣本的 DNA 濃度有直接的關系。因此,存在交叉污染的混合細胞系中,其中一個位點中某些峰會明顯高于其他的峰,其中大峰是屬于混合細胞系中那個主要細胞系,而小峰則屬于那個次要細胞系。
值得注意的是,當發生兩個或以上細胞混合的時候,檢測結果看起來非常像細胞系的“遺傳不穩定”——當一個細胞系存在亞群時,尤其是一些癌細胞系, 由于遺傳不穩定的存在,在一些位點的 STR 特性會不同。因此經驗豐富的分子專家是非常重要的,他能夠幫助分析復雜的電泳圖譜(STR 峰圖),從而判斷是否由于發生細胞系交叉污染而導致多等位基因情況。
8.如何根據 STR 數據判斷細胞系的身份
收到細胞系鑒定結果以及 STR 信息,可以與參考數據庫進行比對。如果細胞樣本的每個 STR 位點和參考細胞 STR 位點都能重合匹配,即說明該細胞系正確,反之則說明你的細胞系可能被錯誤標記,交叉污染或發生遺傳不穩定。一般說來,匹配度≥80%即可認為該細胞系正確,匹配度<80%則說明該細胞系的來源需要被懷疑。
如果細胞系被鑒定出發生交叉污染或錯誤標記,則需要拿更早代數的細胞進行鑒定,從而找到問題的起源或者直接從可靠的機構購買一株新的細胞系。
9.如果細胞系沒有在數據庫中比對出結果怎么辦?
如果已知數據庫中沒有找到你的細胞信息,你可以用自己的細胞遺傳信息建立自己的遺傳特性,以便后期進行自己細胞庫的比對。
10.為什么報告內最終結論,會出現匹配不上任何已知數據情況?
最大的可能性是因為這株細胞的標準序列并沒有收錄在國際的細胞庫之中,導致送檢樣本與任何的序列都不匹。出現這種情況大多數是因為該細胞系,可能是由國內課題組自主建系的。



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